Wir wissen ja alle, dass Activision sehr, sehr langfristig plant und so kann man sich für die Prototype Serie in Zukunft auch einen Ego-Shooter Ableger vorstellen. Man betont aber noch einmal ausdrücklich, dass Prototype 2 eine direkte Fortsetzung zum ersten Teil sein wird und nicht jetzt schon diesen Schritt geht.
In einem Interview mit dem OXM äußerte sich Ken Rosman (Executive Producer) zu der Zukunft des Prototype Franchises:
Ob Activision das Spiel nun auch “ver-call-of-duty-sieren” wird und bloß den möglichst höchsten Ertrag auf Kosten von Innovationen erzwingen will, oder sich wirklich ernsthaft überlegt, ein richtiges “Universum” um die Vorgänge und Charaktere von Prototype zu spinnen, steht also bis mindestens 2013 in den Sternen und so lange können wir uns ja die Zeit mit dem zweiten Teil, der 2012 erscheint vertreiben.